Commander Jonathan Cooper, meist nur mit Jon Cooper angesprochen, ist Erster Offizier und Verwaltungsoffizier von Vanguard. Mit seiner Ehefrau Jen hat er einen Sohn: Jake. (Roman:Der Vorbote)
Nach Commodore Diego Reyes' Arrestierung erhält er vorübergehend das Kommando über die Raumstation. (Roman: Ernte den Sturm)