Im Laufe der Jahre wurden unzählige Werke rund um Star Trek geschaffen welche das Universum auf vielfältige Weise bereichern und vergrößern. Jedes dieser Werke bereichert Star Trek mit neuen Abenteuern, Völkern, Personen, Schiffen und Technologien.
Doch die Schöpfer dieser Werke konnten nicht nach Belieben agieren, Star Trek war noch nicht vorbei und lief weiterhin in Fernsehen und Kino, auch schufen andere Autoren und Spieleschmiede ihre eigenen Bücher, Comics und Spiele. Deswegen versuchten sie mit ihren Veröffentlichungen meist den Status quo zu erhalten, um so Widersprüche und Ungereimtheiten mit jenen zu Serien und Filmen zu vermeiden. Um das Potenzial von Star Trek dennoch voll auszuschöpfen, bauten viele ihre Werke auf einander auf, um so ihren Geschichten mehr Tiefe und einen roten Faden zu geben dadurch entstanden sogenannte "Unter-Universen".
Dennoch entstanden mit der Zeit viele Ungereimtheiten. Die Gründe dafür sind vielfältig.
Zu aller erst widersprachen sich die einzelnen Werke des erweiterten Universums gegenseitig. Die Autoren haben zwar darauf geachtet nicht den Filmen und Serien zu widersprechen, aber die Werke anderer Autoren wurden meist völlig missachtet, was nicht selten zu Widersprüchen führte.
Auch führte die unglückliche Lizenzvergabe zu Ungereimtheiten. So durften die Autoren und Spieleschmiede ihre "Schöpfungen" behalten und als eigene Marken getrennt von Star Trek eintragen. Dies führte dazu, dass andere Autoren nicht darauf zurückgreifen konnten oder sich dieses Recht erkaufen mussten. Auf Grund dessen ignorierten sie diese oft vollständig oder schufen "Klon-Völker", welche bis auf den Namen und einige Details den lizensierten Völkern gleichen, jedoch nicht das Lizenzrecht verletzen.
Auch versuchten einige Werke gar nicht Widersprüchen mit anderen Werken aus dem Weg zu gehen, so zum Beispiel das in sich geschlossene Activision-Universum, welches sämtliche andere Werke des Erweiterten Universums und sogar Teile der letzten Filme gänzlich ignoriert.
Die größten Ungereimtheiten entstanden durch CBS und Paramount selbst. Anfangs arbeiteten sie eng mit den Schöpfern der Quellenbücher, Video und Rollenspielen zusammen und übernahmen einige Schöpfungen von ihnen. So entstanden die Kziniti, welche in TAS auftauchten und den Hauptgegner für Phase II stellen sollten, für die Rollenspiele und fanden danach umgehend Einzug in die Quellbücher, Comics und Video-Spiele. Aber entsprechende Lizenzen wurden von CBS nur für TOS und TAS vergeben, nicht aber für TNG, welches diese Werke bis auf wenige Ausnahmen fast gänzlich ignorierte, ihnen aber auch nicht widersprachen. Paramount versuchte sich für die TOS-Filme allerdings noch an die Handbücher zu halten und bezog sie bis zu einem gewissen Grad mit ein. Quellen- und Technikhandbücher wurden unter Einzellizenz auch weiterhin für sämtliche Serien verfasst. Sie fassten bis DS9 noch weiterhin auf den Werken für TOS und TAS, aber beinhalteten fast ausschließlich technologische Details wie Schiffslisten, Klassen oder grobe Beschreibungen für Völker und Planeten. Sie enthielten jedoch fast keinerlei "geschichtliche" Erzählungen oder Ereignisse außerhalb des bereits Verfilmten. Ein von FASA produziertes Rollenspiel versuchte mit den TOS-Lizenzen auch Inhalte für TNG zu schaffen. Die Inhalte jedoch lassen sich jedoch nur selten mit der Serie in Einklang bringen und sind deshalb fast vollständig unkanonisch. Die seit 2001 ausgestrahlte Serie ENT ignorierte diese Werke fast vollständig und widerspricht dienen in einigen zentralen Elementen.
Zu guter Letzt entstehen dadurch Problem auf das Star Trek durch die Realität eingeholt wurde. Beispielsweise ordnete die 1966 produzierte Originale Serie, die Eugenischen Kriege in den 1990er Jahren. Mit ENT haben die Star Trek-Schöpfer versucht das Problem zu lösen in dem sie alles (auch das EU) 100 Jahre in die Zukunft "schoben".
Als das Franchise mit Nero neu gestartet wurde haben CBS und Paramount den Buchautoren freie Hand gegeben Star Trek fortzuführen. Das sogenannte "8. Staffel-Universum" greift auf viele frühere Werke zurück und versucht im Nachhinein das Star Trek Universum zu einer homogenen Masse zu machen, in dem sie Widersprüche erklärt oder umdeutet, und dabei versucht möglichst keine weiteren Konfrontationen oder Ungereimtheiten zu schaffen.