Die USS Nautilus wird vor dem Jahr 2370 in den aktiven Dienst der Sternenflotte gestellt. Während des Dominion-Kriegs, der von 2373 bis 2375 andauert, ist das Schiff im Einsatz, um gegen die Streitkräfte des Dominion zu kämpfen.[1]
Die USS Nautilus reist vor 2370 nach Janus VI, um das Erscheinen eines Schiffs unbekannter Herkunft zu untersuchen.[4]
2375 ist das Schiff an einer Offensive gegen das besetzte Betazed-System beteiligt. An Bord befindet sich zu dieser Zeit CommanderElias Vaughn. Als das Dominion die Sternenbasis 19 angreift, erhält die Nautlius eine Nachricht von Mitgliedern des Betazed-Widerstands mit Plänen den Planeten aus der Hand des Dominion zu befreien.[2]2379 wird Whis dem Schiff als Chefingenieur zugeteilt.[6] Während der Superkubus-Krise im Jahr 2380 ist die Nautilus Teil der Flotte, die den Borg-Superkubus im Sektor 108 abfängt. Die Schlacht geht zu Ungunsten der Föderation aus und nur eine Handvoll Schiffe, einschließlich der Nautlius, können fliehen. Das Schiff sendet später einen Notruf und eine Aufzeichnung der Schlacht aus.[3]
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