- USS Helena
- USS Helios (Drexler class)
- USS Helios (NCC-1825)
- USS Helios (NCC-2754)
- USS Helios (NCC-63284)
- USS Helios (destroyer)
- USS Helmsdale
- USS Helsinki
- USS Hemalat
- USS Hemingway
- USS Hencke
- USS Henderson (Intrepid class)
- USS Henderson (NCC-3914)
- USS Hendrickson
- USS Henley
- USS Henrietta Leavitt
- USS Hephaestus
- USS Hephaestus (NCC-59650-A)
- USS Hephaestus (NCC-95547)
- USS Hera (NCC-26297)
- USS Hera (NCC-62006)
- USS Herbert
- USS Hercules (Aegian class)
- USS Hercules (NCC-24657)
- USS Hercules (NCC-91212)
- USS Hercules (Prometheus class)
- USS Heritage
- USS Hermes (22nd century)
- USS Hermes (24th century)
- USS Hermes (Akula class scout)
- USS Hermes (Kelvin timeline)
- USS Hermes (Maelstrom class)
- USS Hermes (NCC-10376)
- USS Hermes (NCC-26285)
- USS Hermes (NCC-95208)
- USS Hermes (prototype)
- USS Hernandez
- USS Herschell
- USS Hertzsprung
- USS Hestia (NCC-26292)
- USS Hevelius
- USS Heyerdahl
- USS Hiawatha
- USS Hiawatha (NCC-522)
- USS Hiawatha (NCC-815)
- USS Hickey
- USS Hickok
- USS Hideyoshi
- USS Hiemdal
- USS Hieracho Naguro
- USS Higgens
- USS Highwayman
- USS Hikaru Sulu (NCC-6009)
- USS Hikaru Sulu (NCC-92420)
- USS Himori
- USS Hindenburg
- USS Hipocrates
- USS Hipparchus
- USS Hipper
- USS Hippocrates (23rd century)
- USS Hippocrates (Olympic class)
- USS Hippocrates (runabout)
- USS Hiraga Gennai
- USS Hirayami
- USS Hiroshima
- USS Hiryu
- USS Hoagland
- USS Hobbiton
- USS Hofmann
- USS Hokkaido (Baton Rouge class)
- USS Hokkaido (Renaissance class)
- USS Hokule'a
- USS Holana
- USS Holden
- USS Holiday
- USS Hollister
- USS Holmes
- USS Holmes (Okinawa class)
- USS Homer
- USS Hong Kong
- USS Honshu
- USS Hood (Galaxy class)
- USS Hood (Kelvin timeline)
- USS Hood (NCC-1703)
- USS Hood (NCC-1703) (II)
- USS Hood (NCC-42296)
- USS Hood personnel roster
- USS Hooke
- USS Hoover
- USS Hoover (NCC-1950)
- USS Hope
- USS Hope (AH-7)
- USS Hope (Akira class)
- USS Hope (NX-90320)
- USS Hope (Olympic class)
- USS Hope (Sovereign class)
- USS Hopewell
- USS Hopkins
- USS Hor
- USS Horatio (NCC-10532)
- USS Horatio (NCC-90600)
- USS Horatio (scout)
- USS Horatio Ballantrye
- USS Horizon (23rd century)
- USS Horizon (NCC-176)
- USS Horizon (NCC-75668)
- USS Horizon (Sovereign class)
- USS Horizon (class-J)
- USS Horizon (prototype)
- USS Hornet (CV-8)
- USS Hornet (Defiant class)
- USS Hornet (Excelsior class)
- USS Hornet (Galaxy class)
- USS Hornet (NCC-1714)
- USS Hornet (NCC-45231)
- USS Hornet (NCC-9700)
- USS Horok
- USS Hosegawa
- USS Hosegawa (NCC-348)
- USS Hosegawa (Saber class)
- USS Hotspur
- USS Hotspur (Akira class)
- USS Hotspur (NCC-26253)
- USS Hotspur (frigate)
- USS Houston (NCC-2756)
- USS Houston (NCC-97284)
- USS Howland
- USS Hoyle
- USS Hrisal
- USS Hrothgar
- USS Hsien Ning
- USS Huang Zhong
- USS Hubbard
- USS Hubble (NCC-3848)
- USS Hubble (Nebula class)
- USS Hubble (runabout)
- USS Hubble (scout)
- USS Hudson (II)
- USS Hudson (NCC-72450)
- USS Hudson (mining freighter)
- USS Huggins
- USS Hughes
- USS Humanson
- USS Humberto Ortega
- USS Humboldt
- USS Hume
- USS Hun Sen
- USS Hunley
- USS Huntington
- USS Huntington (Constitution class)
- USS Huntington (Galaxy X class)
- USS Huron
- USS Hurricane (Defiant class)
- USS Hurricane (Ulysses class)
- USS Hurutaka
- USS Hurutam
- USS Hutchinson
- USS Huxley
- USS Huxley (24th century)
- USS Huxley (NCC-0525)
- USS Huxley (Nova class)
- USS Huygens
- USS Huygens (24th century)
- USS Huygens (NCC-16601)
- USS Huygens (NCC-91814)
- USS Hypatia (NCC-91825)
- USS Hypatia (NCC-92601)
- USS Hypatia (NCC-S415)
- USS Hyperion
- USS Hypnos
- USS Hypsipyle
- USS Iblis
- USS Ibn Daud
- USS Ibn Sina
- USS Ibn al-Haytham
- USS Ibrahim Jones
- USS Icarus (23rd century)
- USS Icarus (Excelsior class)
- USS Icarus (NCC-74996)
- USS Icarus (Steamrunner class)
- USS Iceland
- USS Idaho
- USS Ilan Ramon
- USS Illinois
- USS Illustrious (Defiant class)
- USS Illustrious (NCC-2203)
- USS Illyria
- USS Ilyra
- USS Imbrium
- USS Immortal
- USS Impeller
- USS Imperial
- USS Imperius
- USS Inaieu
- USS Incessant
- USS Inchon
- USS Inchon (Iwo Jima class)
- USS Inchon (NCC-1738)
- USS Inchon (NCC-4450)
- USS Incontestable
- USS Incursion
- USS Indefatigable
- USS Indefatigable (24th century)
- USS Indefatigable (NCC-2011)
- USS Indefatigable (NCC-92035)
- USS Independence (Constitution class)
- USS Independence (NCC-1904)
- USS Independence (NCC-41452)
- USS Independence (NCC-90346)
- USS Indi
- USS Indianapolis (NCC-10535)
- USS Indianapolis (NCC-1805-B)
- USS Indiri
- USS Indomitable (Constitution class)
- USS Indomitable (Ranger class)
- USS Indomitable (prototype)
- USS Indrasan
- USS Ingersol
- USS Inglewood
- USS Inouye
- USS Inquiry
- USS Integrity
- USS Intercessor
- USS Intrepid (Galaxy class)
- USS Intrepid (NCC-1485)
- USS Intrepid (NCC-1631)
- USS Intrepid (NCC-1730)
- USS Intrepid (NCC-38907)
- USS Intrepid (NCC-74600)
- USS Intrepid (NCC-74600-A)
- USS Intrepid (NCC-74600-B)
- USS Intrepid (NCC-79520)
- USS Intrepid II (Oberth class)
- USS Invermay
- USS Inverness
- USS Invicta (NCC-26246)
- USS Invincible
- USS Inwood
- USS Io
- USS Iotia
- USS Iowa (NCC-1525)
- USS Iowa (Norway class)
- USS Irilia
- USS Irkin B'tly
- USS Iron Horse
- USS Ironclad
- USS Iroquois
- USS Iroquois (22nd century)
- USS Iroquois (Ambassador class)
- USS Irrawaddy
- USS Irwin
- USS Isandhlwana
- USS Ischia
- USS Isikari
- USS Isis (Ambassador class)
- USS Isis (NCC-26300)
- USS Iskandarov
- USS Israel Putnam
- USS Isshasshte
- USS Istanbul
- USS Ivan
- USS Ivanov
- USS Iwo Jima (Defiant class)
- USS Iwo Jima (NCC-4333)
- USS Iwo Jima (prototype)
- USS Izar
- USS Izmir
- USS J.L. Lambert
- USS Jacequai
- USS Jackson (Excelsior class)
- USS Jackson (NCC-270)
- USS Jackson (NCC-416)
- USS Jackson (NCC-4405)
- USS Jacobus
- USS Jade
- USS Jaganath
- USS Jaguar
- USS Jah'tor
- USS Jaleyl
- USS James T. Kirk (NCC-63719)
- USS Jamestown
- USS Jan Mayen
- USS Janeway (32nd century)
- USS Janeway (Wells class)
- USS Jansky
- USS Janus Colony
- USS Jarl
- USS Jasmine
- USS Jason
- USS Jason Starion
- USS Jassan
- USS Jauhur
- USS Java
- USS Javelin
- USS Jean Bart
- USS Jeans
- USS Jefferies (Galaxy class)
- USS Jefferies (NCC-1750)
- USS Jefferson (Akira class)
- USS Jefferson (Constitution class)
- USS Jefferson (NCC-74626)
- USS Jefferson (New Orleans class)
- USS Jefferson Randolph Smith
- USS Jeffrey
- USS Jein
- USS Jellico
- USS Jemison
- USS Jenghiz
- USS Jenner
- USS Jenolen
- USS Jenshahn
- USS Jersey
- USS Jerusalem (23rd century)
- USS Jerusalem (Steamrunner class)
- USS Jezar
- USS Jgonas
- USS Jhamel
- USS Jigoro Kano
- USS Joan of Arc
- USS Johannesburg
- USS John B. Goodings
- USS John F. Kennedy
- USS John Glenn
- USS John Kelly
- USS John Muir
- USS John Paul Jones
- USS Johnson (Edward class)
- USS Johnson (Intrepid class)
- USS Johnson (NCC-1956)
- USS Jomini
- USS Jonathan T. Esteban
- USS Jones (Intrepid class)
- USS Jones (NCC-4468)
- USS Jones (Saber class)
- USS Joseph
- USS Joshua Tree
- USS Jubayr
- USS Jubei
- USS Jubei (Akira class)
- USS Jubei (Galaxy class)
- USS Jubeil
- USS Judge
- USS Jugurtha
- USS Jules Verne
- USS Julius Caesar