- USS Loris
- USS Lorraine
- USS Lorus
- USS Los Angeles (Aerie class)
- USS Los Angeles (NCC-1654)
- USS Los Angeles (NCC-2727)
- USS Lovelace
- USS Lovell
- USS Lovell (Oberth class)
- USS Lowe (24th century)
- USS Lowe (25th century)
- USS Lowell (NCC-20013)
- USS Lowell (NCC-3939)
- USS Lozano
- USS Lu'ghara
- USS Lucas
- USS Lucifer
- USS Luna (NCC-2787)
- USS Luna (NCC-80101)
- USS Lupus
- USS Lur'Shann
- USS Lutzen
- USS Lux
- USS Luxembourg
- USS Luxembourg (Norway class)
- USS Luxembourg (Saber class)
- USS Luyten
- USS Lydia Sutherland
- USS Lynx (NCC-4033)
- USS Lynx (NCC-608)
- USS Lyon
- USS Lyric
- USS Lysander (NCC-532)
- USS Lysander (NCC-540)
- USS M'Benga
- USS M'hasien
- USS M-31
- USS M.L. King
- USS M.L. King, Jr.
- USS Maat
- USS Maathai
- USS MacArthur (NCC-1865)
- USS MacArthur (NCC-4437)
- USS MacCurdy
- USS MacDonald
- USS MacDuff
- USS Macedonia
- USS Macedonia (ECS-957)
- USS Macedonia (NCC-1003)
- USS Macedonia (cargo ship)
- USS Madeira
- USS Madison (Ambassador class)
- USS Madison (NCC-71808)
- USS Madrid (23rd century)
- USS Madrid (Aerie class)
- USS Madrid (London class)
- USS Madrid (NCC-42059)
- USS Madrid (Yamato class)
- USS Magee
- USS Magellan (Akira class)
- USS Magellan (NCC-3069)
- USS Magellan (NCC-71820)
- USS Magellan (NCC-71820-A)
- USS Magellan (NCC-94020)
- USS Magellanic Clouds
- USS Magnan
- USS Magnificent
- USS Magnum
- USS Magsaysay
- USS Mah-tor-pahlah
- USS Mahan
- USS Mahdi
- USS Maia
- USS Maine (23rd century)
- USS Maine (Iwo Jima class)
- USS Majestic (23rd century)
- USS Majestic (NCC-31060)
- USS Majestic (NX-93500)
- USS Majestic (Ouroboros class)
- USS Majestic (Sovereign class)
- USS Makarov
- USS Maker
- USS Mako
- USS Mako (NCC-1940)
- USS Makra
- USS Makusia
- USS Makwa
- USS Malacandra
- USS Malacca
- USS Malachowski
- USS Malamed
- USS Malcolm Swain
- USS Malevolent (Akira class)
- USS Malevolent (Galaxy class)
- USS Mali
- USS Malign
- USS Malinche
- USS Malinche (NCC-38997)
- USS Malloc
- USS Mallory
- USS Man-o-War
- USS Manarunu
- USS Manassas
- USS Manatee
- USS Mandala Flynn
- USS Mandel
- USS Mandela (23rd century)
- USS Mandela (24th century)
- USS Mandela (Akula class)
- USS Manengouba
- USS Manhattan
- USS Manila
- USS Manning
- USS Manstein
- USS Manstein (NCC-407)
- USS Manstein (NCC-50031)
- USS Manticore
- USS Mantilles
- USS Manuel
- USS Manzer
- USS Marathon
- USS Marauder
- USS Marc Antony
- USS Marceau
- USS Marcello
- USS Marco Polo (NCC-7219)
- USS Marco Polo (Saber class)
- USS Marcos
- USS Marfak
- USS Marignano
- USS Marius
- USS Marlborough
- USS Marlborough (NCC-4392)
- USS Marlborough (NCC-50012)
- USS Marlowe
- USS Marne
- USS Maroa
- USS Marotz
- USS Marquand
- USS Marquette
- USS Mars (NCC-2152)
- USS Mars (NCC-525)
- USS Marsabit
- USS Marseille
- USS Marshall
- USS Martel
- USS Martin Luther King Jr.
- USS Martinez
- USS Martynov
- USS Marvick
- USS Mary Kingsley
- USS Mary Rose
- USS Marya Morevna
- USS Maryam Mirzakhani
- USS Maryland (22nd century)
- USS Maryland (NCC-45109)
- USS Maryland (Steamrunner class)
- USS Masada
- USS Masamune
- USS Masao
- USS Massachusetts
- USS Massoud
- USS Masterson
- USS Matador
- USS Mateo
- USS Matewan
- USS Mathias
- USS Matsumo
- USS Matsumoto
- USS Mattermaine
- USS Matthew Decker
- USS Mattingly
- USS Maui
- USS Mauna Kea
- USS Maverick (Defiant class)
- USS Maverick (alternate)
- USS Maxwell
- USS Maya
- USS Mayeda
- USS Mayflower
- USS Mayflower (24th century)
- USS Mayflower (Augment)
- USS Mayflower (NCC-1621)
- USS Mayflower II
- USS Mazda
- USS McAuliffe
- USS McClintock
- USS McClusky
- USS McClusky (NCC-342)
- USS McClusky (Saber class)
- USS McCoy (NCC-91270)
- USS McCoy (NX-95600)
- USS McDermott
- USS McDevitt
- USS McDonough
- USS McGinley
- USS McHenry
- USS McKinley
- USS McKinley (NCC-74977)
- USS McKinley (NCC-75567)
- USS McKinley (NCC-96003)
- USS McKinley (NCC-97930)
- USS McLafferty
- USS Meade
- USS Mecca
- USS Medina (NCC-1536)
- USS Medina (Norway class)
- USS Medvedev
- USS Meer
- USS Megalodon
- USS Megrez
- USS Mei Yuan
- USS Meitner
- USS Mek'leth
- USS Meknes
- USS Meko
- USS Meko (NCC-1533)
- USS Meko (Norway class)
- USS Mekong
- USS Mekong (NCC-72617)
- USS Mekong (mining freighter)
- USS Melbourne
- USS Melbourne (Excelsior class)
- USS Melbourne (Nebula class)
- USS Melfort
- USS Melqart
- USS Memphis
- USS Mendel
- USS Mendeleev
- USS Mendeleyev
- USS Mendoza
- USS Meneleas
- USS Menengai
- USS Mengen
- USS Menke
- USS Merced
- USS Merced (NCC-87075)
- USS Mercury (NCC-47802)
- USS Mercury (Saber class)
- USS Mercutio
- USS Meredith
- USS Meredith Levette
- USS Merian (NCC-81904)
- USS Merian (NCC-81904-E)
- USS Meridian
- USS Meridian (Prometheus class)
- USS Merlin (Akira class)
- USS Merlin (NCC-97512)
- USS Merlin (NX-607)
- USS Merrimac (Fortunate class)
- USS Merrimac (Galaxy class)
- USS Merrimac (NCC-1715)
- USS Merrimack
- USS Merrimack (Defiant class)
- USS Merrimack (NCC-61827)
- USS Mertens
- USS Meru
- USS Messier
- USS Mestral
- USS Metis Shoal
- USS Mexico City
- USS Meyers
- USS Miaplacidas
- USS Michael Whelan
- USS Michigan (Defiant class)
- USS Michigan (NCC-1539)
- USS Michigan (Norway class)
- USS Midway (NCC-4301)
- USS Midway (Sovereign class)
- USS Mieville
- USS Mikasa
- USS Mikasa (NCC-1543)
- USS Mikasa (Norway class)
- USS Mikita
- USS Milano
- USS Militia
- USS Mill
- USS Milton Humason
- USS Milwaukee
- USS Min'ow
- USS Minerva
- USS Minerva (Aegian class)
- USS Minerva (NCC-26287)
- USS Ming Chuen
- USS Mingus
- USS Minora
- USS Minotaur (Akira class)
- USS Minotaur (NCC-4013)
- USS Minshara
- USS Minsk (Aegian class)
- USS Minsk (NCC-1752)
- USS Miracht
- USS Miranda
- USS Miranda (NCC-1805-B)
- USS Mirazh
- USS Mirfak
- USS Mirfak (NCC-1837)
- USS Mission
- USS Mississippi (NCC-72590)
- USS Mississippi (mining freighter)
- USS Missouri (NCC-1526)
- USS Missouri (NCC-1810)
- USS Missouri (Norway class)
- USS Missouri (mining freighter)
- USS Missouri (runabout)
- USS Mitchell (NCC-325027)
- USS Mitchell (NCC-3863)
- USS Mitchell (NCC-702)
- USS Mitisio
- USS Mitterand
- USS Mitterand (Akira class)
- USS Mitterand (NCC-857)
- USS Miyamoto
- USS Mizar
- USS Mizar (repair ship)
- USS Mizuki
- USS Mjolnir (NCC-3117)
- USS Mjolnir (NCV-88050)
- USS Mjolnir (Norway class)
- USS Mjorn
- USS Mobius
- USS Mohawk
- USS Moisanen
- USS Mojadeddi
- USS Molens
- USS Molock
- USS Molotov
- USS Moltke
- USS Monarch
- USS Mondial
- USS Mondoloy
- USS Mongehela
- USS Mongo
- USS Mongoose
- USS Monitor
- USS Monitor (Defiant class) (I)
- USS Monitor (Defiant class) (II)
- USS Monitor (Fortunate class)
- USS Monitor (Galaxy class)
- USS Monitor (NCC-1713)
- USS Monitor (NCC-61826)
- USS Monitor (NCC-83800)
- USS Monitor (NCC-91890)
- USS Monk
- USS Monoceros